Las top tier son Arch y Debian. Arch para estar al borde de lo último (y estar hartas horas instalando al cosa) y Debian si quieres algo muy estable (y viejo). Lo otro es ir usando distros que deriven de esas. Personalmente uso Ubuntu no más, por mucho hate que tenga. Es la más popular y eso hace que si hay un drama siempre encuentro su wen tutorial.
Ah, evita las de Redhat y sus derivados, por lo que dice andresmlna.