Claro, además tiene sentido. La habilidad de transformación de un Ditto, por muy buena que sea, no puede ser perfecta, o si no por ejemplo se transformaría en un Spearow, que no puede transformarse (de vuelta) en Ditto. Algo de Ditto tiene que quedar, y hacerlo los ojos es un "modismo visual" rápido para tirar varias ideas narrativas: revelar la identidad, reflejar la falta o exceso de confianza, poder mantener ciertos grados de lenguaje corporal que la audiencia humana de niños de 9 años puede "leer", etc.

Hmmm cierto, habría que preguntarle a los profesores Pokemon qué seha investigado sobre eso

Pero son las excepciones, no significa que todos los Dittos se transformen así, eso se explica o se deja ver al menos en los episodios del animé donde ha aparecido.