Si ça n'a pas changé, Bazzite/Aurora/Bluefin et cie lancent la mise à jour de l'image, des flatpaks, et autres brews 20 min après le démarrage de ta machine et toutes x heures. Tu n'as à priori pas besoin d'avoir d'une fenêtre spécifique pour les mises à jour.
Et au pire tu peux lancer cette commande qui met tout à jour toi-même avec ujust update